Interessierte Schülergruppen erarbeiten im und mit Unterstützung des Schülerlabors fachübergreifend naturwissenschaftliche Projektthemen. Ein Projekt dauert von der Planung bis zum Abschluss in der Regel ein Schulhalbjahr. Die Schülerinnen und Schüler arbeiten dabei sowohl im Schülerlabor als auch in den Schulen selbst. Projektthemen werden vom Schülerlabor angeboten, können aber auch von den Schülergruppen vorgeschlagen werden.