Die Idee einer philosophischen Anthropologie bei Paul Ludwig Landsberg. Würzburg: Königshausen & Neumann 1989,
Ökologischer Strukturwandel und Kreislaufökonomie (zusammen mit R. Isenmann). Idstein: Schulz-Kirchner 1995,
Blaise Pascal zur Einführung. Hamburg: Junius 1996,
Existenz und Vernunft. Studien zu Pascal, Descartes und Nietzsche. Würzburg: Königshausen & Neumann 2001,
Begegnung und Verantwortung. Essays zum ärztlichen Ethos und zur medizinischen Ethik. Würzburg: Königshausen & Neumann 2007,
Management und Spiritualität. Ein Erfahrungs- und Arbeitsbuch. Würzburg: Königshausen & Neumann 2009. (zusammen mit U. Schmitz),
Magna quaestio – Der Mensch als große Frage. Essay zur Grundlegung der Philosophie. Berlin: Matthes & Seitz 2013,
Denken kann trösten. Trauer verständnisvoll begleiten. Göttingen: Vandenhoeck & Ruprecht 2014,
Arbeit und Humanität. Auf dem Weg in eine humane Arbeitsgesellschaft. Idstein: Schulz-Kirchner 1992,
Gen-Ethik. Zur ethischen Herausforderung durch die Humangenetik. Idstein: Schulz-Kirchner 1993,
Natur als Vorbild. Was können wir von der Natur zur Lösung unserer Probleme lernen? Idstein: Schulz-Kirchner 1993,
Verantwortung in der Risikogesellschaft. Ethische Herausforderung in einer veränderten Welt. Idstein: Schulz-Kirchner 1994,
On Self-Organization. An Interdisciplinary Search for a Unifying Principle (zusammen mit R.K. Mishra und D. Maaß), Berlin, Heidelberg, New York: Springer 1994,
Normalität - Differenz - Asymmetrie. Ethische Herausforderungen im Umgang mit Schwachen und Fremden. Idstein: Schulz-Kirchner 1995,
Transplantationsmedizin und Ethik. Auf dem Weg zu einem gesellschaftlichen Konsens (zusammen mit F.W. Albert und W. Land), Lengerich, Berlin u.a.: Pabst Science Publishers 1995,
Handbuch Integration und Ausgrenzung. Behinderte Mitmenschen in der Gesellschaft. Neuwied: Luchterhand 1996,
Klinikmanagement. Erfolgsstrategien für die Zukunft. München: Urban & Schwarzenberg 1997,
Pascal, ausgewählt und vorgestellt von E. Zwierlein. München: Diederichs 1997,
Virtuelle Welten und Teleworking: Herausforderungen - Chancen - Risiken (zusammen mit R. Isenmann), Aachen: Shaker 1998,
Handbuch Integrierte Sterbebegleitung (zusammen mit U. Lilie), Gütersloh: Gütersloher Verlagshaus 2004,
Paul Ludwig Landsberg, Die Erfahrung des Todes. Berlin: Matthes & Seitz 2009,
Blaise Pascal, Gedanken. Auswahl nach dem Plan der Apologie. Suhrkamp Studienbibliothek mit einem Kommentar von E. Zwierlein. Berlin: Suhrkamp 2012,
Blaise Pascal, Briefe I. Die private Korrespondenz. Herausgegeben und mit Anmerkungen von E. Zwierlein. Berlin: Matthes & Seitz 2015.
Paul Ludwig Landsberg, Das moralische Problem der Selbsttötung. Mit einem Essay von Wilhelm Kamlah: Meditatio Mortis. Berlin: Matthes & Seitz 2017.
